民事诉讼时效3年和20年主要区别在于适用条件和保护期限。3年属于普通诉讼时效，适用于当事人知道或应知权利受损的情况。而20年则是最长诉讼时效，适用于当事人一直不知权利受损的情况，超过此期限法院将不予保护。
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